秸稈綜合利用仍然存在利用率低、產(chǎn)業(yè)鏈短和產(chǎn)業(yè)布局不合理等問題。存在這些問題的主要原因：

一、是對秸稈綜合利用認識不足。一些地區(qū)沒有把秸稈真正作為資源來看待，缺乏統(tǒng)籌規(guī)劃，綜合利用推進不力。

二、是秸稈資源與利用現(xiàn)狀不清。長期以來，由于對秸稈利用的重視程度不夠等原因，盡管有關(guān)部門和專家開展了一些調(diào)查和分析工作，但仍存在著秸稈資源不清、利用現(xiàn)狀不明等問題。

三、是市場化機制不完善，缺乏政策激勵。目前，各地還沒有建立有效的市場機制和儲運體系，秸稈商品化水平低，缺乏鼓勵秸稈綜合利用的具體政策措施，秸稈產(chǎn)業(yè)發(fā)展滯后。

四、是缺乏農(nóng)民經(jīng)濟實用的配套技術(shù)設(shè)備。在農(nóng)作物輪作茬口緊的多熟農(nóng)區(qū)，秸稈便捷處理設(shè)施不配套，農(nóng)民收集處理秸稈的難度大，隨意遺棄和露天焚燒現(xiàn)象嚴重；秸稈綜合利用新技術(shù)應用規(guī)模較小，尤其是適宜農(nóng)戶分散經(jīng)營的小型化、實用化技術(shù)缺乏，各項技術(shù)之間集成組合不夠。